Vatnajökull Milli Parkı, yazın -4 ila 12 santigrat derece ve kışın -10 ila -2 santigrat derece arasında değişen sıcaklıklarla yarı arktik bir iklime sahiptir. Yağış oldukça yüksektir ve yıllık yağış ortalaması 1.000 milimetrenin üzerindedir.
