لا توجد أنهار دائمة تمر عبر الصحراء الكبرى. ومع ذلك ، هناك عدد قليل من الأنهار الموسمية التي تمتلئ بالمياه خلال موسم الأمطار. وتشمل هذه الأنهار النيل والنيجر والسنغال ودرعة.