تتميز حديقة فاتناجوكول الوطنية بمناخ شبه قطبي ، حيث تتراوح درجات الحرارة من -4 إلى 12 درجة مئوية في الصيف و -10 إلى -2 درجة مئوية في الشتاء. هطول الأمطار مرتفع للغاية ، حيث يبلغ متوسط هطول الأمطار السنوي أكثر من 1000 ملم.
