Koyasan bietet eine Vielzahl von Unterkunftsmöglichkeiten, von traditionellen Tempeln und Schreinen bis hin zu modernen Hotels. Einige der beliebtesten Optionen sind das Shukubo, traditionelle Tempelunterkünfte, die ein umfassendes Erlebnis in die Kultur und Geschichte der Region bieten, und das Koyasan Onsen Ryokan, das ein moderneres und luxuriöseres Erlebnis bietet.