De Mekong Delta heeft een lange en rijke geschiedenis. Er wordt aangenomen dat het bewoond is sinds de Neolithische periode, en archeologische vondsten uit het gebied suggereren dat vroege jagers-verzamelaars al 4000 tot 5000 jaar geleden in het gebied woonden. De delta is al eeuwenlang een belangrijk landbouw- en handelscentrum. In de 16e eeuw werd het gebied een belangrijke handelshaven voor de Chinezen en Portugezen. Chinese kolonisten introduceerden rijstteelt en het gebied werd bekend om zijn overvloed aan fruit, groenten en vis. Tijdens de 17e en 18e eeuw werd het gebied een belangrijk knooppunt voor de productie van rijst, suikerriet en andere gewassen. De Mekongdelta was ook een belangrijke speler in de oorlogen van de 20e eeuw. Tijdens de oorlog in Vietnam werd het zwaar gebombardeerd en moest een groot deel van de bevolking vluchten. Het gebied leed ook enorm tijdens de Vietnam-Amerikaanse oorlog. Tegenwoordig is de Mekongdelta een belangrijk economisch centrum en levert het een groot deel van de landbouw- en visserijproductie van het land. De regio herbergt ook een rijke cultuur, met veel traditionele festivals en vieringen die de lange en gevarieerde geschiedenis van de regio weerspiegelen.