Koyasan biedt een verscheidenheid aan accommodatiemogelijkheden, variërend van traditionele tempels en heiligdommen tot moderne hotels. Enkele van de meest populaire keuzes zijn de Shukubo, traditionele tempelverblijven die een meeslepende ervaring bieden in de cultuur en geschiedenis van het gebied, en de Koyasan Onsen Ryokan, die een modernere en luxueuzere ervaring bieden.