Ang Vatnajökull National Park ay may subarctic na klima, na may temperaturang mula -4 hanggang 12 degrees Celsius sa tag-araw at -10 hanggang -2 degrees Celsius sa taglamig. Ang pag-ulan ay medyo mataas, na may taunang pag-ulan na may average na higit sa 1,000 millimeters.